ФАС России в августе 2018 года признала «Р-Фарм» и еще 12 компаний участниками картеля, нарушившими закон «О защите конкуренции». Поставщики, по оценке службы, договорились о поддержании цен на 29 аукционах по закупке лекарств и медоборудования (ч. 1 ст. 11). Некоторые из этих компаний, включая «Р-Фарм», заключили соглашение с заказчиком в лице Межведомственного центра организации закупок Хакасии, приведшее к ограничению конкуренции на торгах (ч. 1 ст. 17).
Посчитав эти факты доказанными, ФАС дважды оштрафовала «Р-Фарм» по ч. 1 ст. 14.32 КоАП РФ (заключение ограничивающего конкуренцию соглашения) – на 62 млн и 35 млн рублей.
«Р-Фарм» не согласился с решением антимонопольной службы и в октябре 2018 года оспорил его в Арбитражном суде Москвы. «Р-Фарм» участвовал только в одном из аукционов, попавших в поле зрения ФАС, и на этот тендер компании, названные службой участниками картеля, заявок не подавали, что «Р-Фарм» сумел доказать в суде. ФАС инкриминировал «Р-Фарму» участие в антиконкурентных соглашениях, связывая ответственность компании с действиями ее бывшего сотрудника Александра Гитера. Однако, как отмечено в решении арбитража, Гитер, нарушая закон, руководствовался личными мотивами, а не интересами работодателя, обратное же не доказано.
Следственное управление МВД по Республике Хакасии в 2016 году возбудило уголовное дело по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество), среди прочих подозреваемых тогда был задержан территориальный менеджер «Р-Фарма» Александр Гитер. Он был признан виновным за дачу взятки должностному лицу (п. «б» ч. 4 ст. 291 УК РФ). Следствие установило, что Гитер в 2016 году передал более 660 тысяч рублей главврачу Республиканской клинической больницы им. Г.Я. Ремишевской Владимиру Семенову, чтобы тот создал ряду предприятий, представляемых Гитером, благоприятные условия на аукционах по госпитальным закупкам. Абаканский городской суд в апреле 2019 года назначил Гитеру наказание в виде 7 лет 6 месяцев лишения свободы в колонии строгого режима.